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据统计，现行增值税政策中允许差额计税的情形达二十余种之多，开票方式也各不相同，那么，为什么会有差额计税呢？差额计税的道理是什么，具体开票又怎么操作呢？
一、从计税方法谈起
一般计税方法下，增值税应纳税额=销项税额-进项税额，通过这个传导机制，实现了税额在不同纳税主体的层层传递和穿透，上家的销项税额，就是下家的进项税额，下家的销项税额，就是下下家的进项税额，如此反复，直至末端消费者。
末端消费者购进商品或服务的用途是为了消费，而不是为了流通获利，其承担的进项税额由于没有销项税额而沉淀为消费成本，末端消费者承担了价值链上的所有税负，增值税在国外也被称为「对消费课税」（Tax on Consumption）。
简易计税方法下，纳税人本身的进项税额不得抵扣，下游纳税人选用一般计税方法的，可以就其承担的应纳税额进行抵扣。因此，从某种程度上讲，适用简易计税方法的纳税人是「不完全的末端消费者」。
现行差额计税的规定与计税方法是息息相关的，有的差额计税是专用于一般计税方法，有的是专用简易计税方法，还有的是可以兼用于两种不同计税方法。详见【史上最全】21种差额计税业务及其会计处理。
二、差额计税和开票口径
（一）一般计税方法
既然一般计税方法下应纳税额的计算，已经蕴含了差额因素，现行政策为什么还有大量适用一般计税方法的差额计税规定呢？
笔者认为，这主要是因为我国全面推开增值税尚处试点阶段，税制尚不完善所致，具体而言：
一是，经济领域中还有部分不征税项目，而这些不征税项目一旦参与到一般计税链条，作为购买方的下家，将面临无进项税额可供抵扣的困境，在其成本不变的情况下，降低其收益水平。
如，房开企业销售房开项目，其支付的土地成本及拆迁补偿费用属于不征税项目；纳税人提供经纪代理服务，其支付的政府性基金和行政事业性收费，属于不征税项目。为了体现公平，现行政策允许这些不征税项目对应的价款在纳税人的销售额中扣除。
理论上讲，上家不征税，下家不承担税款，下家就不能全额开专票，因此纳税人提供经纪代理服务，其支付的政府性基金和行政事业性收费，不得开具专票。
但对于房地产开发企业，现行政策给了特殊规定，允许房开企业销售自行开发的房地产项目，适用一般计税方法计税的，可以差额计税，全额开具专票。
二是，现行政策出于种种考虑，对某些征税项目进项税额的抵扣做了限制，如36号文第27条规定，纳税人购进的旅客运输服务、贷款服务、餐饮服务、居民日常服务和娱乐服务，对应的进项税额不得抵扣。
尽管以上规定大多数属于个人消费项目，限制抵扣也是国际惯例，其目的是为了彻底体现增值税对末端消费课税的特性，但不可否认的是，有些纳税人购进这些服务并不是直接用于消费，而是用于生产经营，它们仍然处于流通环节，不让抵扣进项税额，有违公平原则。
比如，一般纳税人提供客运场站服务，它的收入既包括收取的替旅客支付的客运费，又包括自身的服务费，它向承运方支付的客运费，属于旅客运输服务，不得抵扣税额。因此政策规定，在确定销售额时，可将此部分不得抵扣进项税额的费用扣除。换句话讲，不是「抵税额」，而是「抵销售额」。
旅游公司提供旅游服务，支付的餐饮费、交通费等，融资租赁和融资性售后回租服务支付的利息等，允许差额扣除销售额，都是同样的道理。
不得抵扣的进项税额，下家选用差额确定销售额，在对外开具发票时，差额部分理论上讲仍然不得开具专票，否则，将会使27条的规定形同虚设，比如纳税人可以通过旅游公司订票，获得旅游服务专票，变相抵扣税额。
但是，对于融资租赁服务，现行政策有有特殊规定，尽管它在计税时，可以差额扣除对外支付的利息，但现行政策并没有对其开票口径有所限制，也就是融资租赁服务是可以全额开票的。
三是，为了征管的方便，直接将转让金融商品的销售额定义为买卖价差，以买卖价差作为计算销项税额的依据， 不涉及进项税额，自然不涉及抵扣，不允许开具专票。
（二）简易计税方法
至于简易计税方法，差额计税的情形大体可以分为两类：
一是，扣除项目与被扣除项目属于同一税目，为穿透计税链条而作的规定，如建筑服务可以扣除分包款，物业管理服务转售自来水可以扣除对外支付的自来水费，转让不动产或土地使用权可以扣除原价或作价等。
此类业务在简易计税链条上，销售额是逐家扣除，税额是逐家缴纳，转入一般计税链条后，购买方可以扣除的理应是税额的累计数，因此，此类业务均可全额开具专票。
二是，与一般计税方法相似，扣除项目属于非征税项目，如劳务派遣、安全保护等服务，支付的员工工资、福利等，计税时差额扣除，但不得全额开具专票。
发票开具方式
无论何种情形，如果购买方只要普通发票，纳税人都可以差额计税，全额开具一张普通发票。
如果购买方需要专用发票的，对上文提到的可以全额开具专票的情形，纳税人可以差额计税，全额开具一张专用发票。
对于上文提到的不得全额开具专用发票的情形，开票方式有不同规定和观点，列举如下：
1、国家税务总局公告2016年第23号（发文日期：2016年4月19日）第四条第（二）款：
「按照现行政策规定适用差额征税办法缴纳增值税，且不得全额开具增值税发票的（财政部、税务总局另有规定的除外），纳税人自行开具或者税务机关代开增值税发票时，通过新系统中差额征税开票功能，录入含税销售额（或含税评估额）和扣除额，系统自动计算税额和不含税金额，备注栏自动打印“差额征税”字样，发票开具不应与其他应税行为混开。」
根据这条规定，凡不得全额开具发票的，均可使用差额征税开票规定。
2、国家税务总局全面推开营改增督促落实领导小组办公室编写的《全面推开营改增业务操作指引》（出版日期：2016年4月）第314页所举差额征税开票案例如下：
笔者认为，纳税人转让不动产，适用差额计税方法的，现行政策并未规定不得全额开具专票，因此该书所举案例明显不当。
近日，北京国税2017年3月12366解答国际税、征收管理、企业所得税及营改增等20个热点问题明确提到：
「由于现行政策并未规定差额扣除部分不得开具专用发票，因此不得使用差额开票功能，可以全额开具专用发票。」
3、《货物和劳务税司就旅行社业“营改增”反映集中的问题所进行的答复》（网传日期：2016年10月14日）：
「选择差额征税政策的业务如需开具增值税专用发票，开具两张发票：差额部分开具增值税普通发票，非差额部分开具增值税专用发票；开具增值税普通发票，即全额开具普通发票即可，两种方式均不使用“差额开票”功能；协会下一步可以收集、汇总目前仍采用增值税发票管理新系统中差额征税开票功能的地区有哪些，由总局货劳司增值税处协调，通过电话形式与这些地区沟通，这种沟通方式比文件形式效率更高。出文件的周期较长，由总局传达给地方需要时间，地方对文件的传达和执行也需要时间。该问题基本得到解决。」
4、近日坊间传闻，国税总局已暂停差额开票功能。
综合以上观点，笔者建议，纳税人对不得全额开具发票的业务，选择开两张票的方式，即扣除项目开一张普票，扣除之后的差额部分开一张专票。